У Desktop Tower Defense грають на карті, що нагадує офісний робочий стіл. Гравець повинен зупинити певну кількість ворогів, відомих у жанрі як "крипи", від досягнення певної точки на ігровому полі. Це досягається шляхом будівництва та покращення веж, які стріляють, завдають шкоди та вбивають ворожих крипів, перш ніж вони зможуть досягти своєї мети. На відміну від багатьох інших ігор у жанрі захисту вежі, шлях самих крипів не є заданим; натомість, побудовані вежі визначають шлях крипів, які обирають найкоротший шлях до виходу. Гра не дозволяє гравцеві зробити вихід повністю недоступним, але ключові стратегії обертаються навколо направлення крипів у довгі, звивисті коридори.