Молода чарівниця збирає самоцвіти для своїх магічних сил у темному та похмурому чарівному лісі. Вона повинна зібрати магічні самоцвіти, що містять такі елементи, як вогонь, земля, вода та грім. Ви повинні допомогти їй зібрати ці самоцвіти, але у вас є лише 100 ходів, щоб виконати всі завдання. З кожним виконаним завданням ви будете переходити на новий рівень і заробляти більше очок. Jewel Mysteries – це гра, що значною мірою ґрунтується на високих балах, із завданнями та обмеженою кількістю ходів. Ви повинні видаляти самоцвіти, натискаючи на групи з 3 або більше самоцвітів. Якщо ви зробите послідовне комбо з 7, ви увійдете в режим BURST самоцвітів. У режимі BURST самоцвітів ви отримаєте подвійні очки.