Funny Balloons розповідає історію хлопчика, який вирушає до лісу і якого викрадають злі сили, які ув'язнюють його в містичному світі. Щоб втекти і повернутися додому, він має зіграти в дивну гру, де він повинен керувати повітряними кулями до різних відсіків. Кожен відсік має колір і певний рівень очок. Якщо куля потрапляє у відсік того ж кольору, очки додаються до загального рахунку, інакше віднімаються. Мета гри — отримати значення загального рахунку, рівне цільовому рахунку. Гра програється, якщо гравець набирає значення, вище цільового рахунку, або переповнює відсік. Міжрівнева міні-гра дозволяє гравцеві зіграти в ігровий автомат, де він може виграти (або програти) очки або здібності, що використовуються в основній грі. Гра налічує 12 рівнів зростаючої складності.